Plate-forme Technologique

L’objectif de GENEPEP est de découvrir de nouveaux peptides naturels impliqués dans l’inflammation, les maladies infectieuses, le cancer, l’obésité, les maladies du système nerveux central, etc.

Pour cela, GENEPEP dispose d’une plate-forme bioinformatique comprenant différents logiciels :

Gene2Pep ©

Gene2Pep simule le système biologique de synthèse/maturation de peptides chez les eucaryotes. Les logiciels miment la traduction, les clivages enzymatiques (signal peptidase, prohormones convertases) et prédisent certaines modifications post-traductionnelles (amidation, sulfatation, pont S-S). Ces logiciels utilisent en entrée des données transcriptomiques ou protéiques (organismes, tissus, séquences, etc), et donnent en sortie une liste de peptides potentiels.

PrediLigand ©

PrediLigand sélectionne dans une liste de peptides ceux qui ont le profil physico-chimique de ligands de récepteurs membranaires (GPCR, TLR). Le logiciel classe les peptides en deux catégories, les ligands potentiels de récepteurs membranaires et les autres.

SageData

SageData permet d'accéder au niveau d’expression des cDNA codants pour des peptides dans divers tissus cancéreux ou sains.

Request Interface ©

Request Interface permet des requêtes pour sélectionner les peptides en fonction de critères chimiques et biologiques :

Composition en acides aminés ;
Longueur ;
Présence de modifications chimiques ;
Choix de l’organisme ou du tissu dans lequel le peptide est exprimé ;
Requêtes spécifiques sur demande.

ex : peptides d’insectes de 10 à 15 aa, sans pont disulfure et exprimés dans des glandes à venin.

ex : peptides exprimés dans les tumeurs de poumons et ligands potentiels de récepteurs membranaires.

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